Fue una de las piezas claves del caso Malaya, la mayor trama de corrupción urbanística registrada en España. Fue condenado a un total de 22 años de prisión, de los que cumplió 7.
Aún tenía causas pendientes.
Su etapa en la corporación marbellí, primero como concejal y luego como regidor, le hizo ser el regidor con más procedimientos penales abiertos en España. Delitos urbanísticos, blanqueo de capitales, malversación de caudales públicos, fraude, contra la ordenación del territorio, cohecho y prevaricación administrativa son algunos de los ilícitos que conforman su abanico judicial.
La historia de Julián Muñoz está vinculada a dos nombres: Jesús Gil e Isabel Pantoja. El primero le dio el poder y la segunda, la fama. Natural de Ávila, Muñoz se dedicaba a la hostelería cuando estrechó lazos con Gil, de quien después renegaría.
Muñoz sustituyó a Gil en la alcaldía tras ser imputado éste en el caso Camisetas. En mayo de 2003 logra la mayoría absoluta en las elecciones municipales. La alegría le duró poco. Tres meses después Juan Antonio Roca organizaba en la sombra una moción de censura que desalojaba de la alcaldía a Muñoz. Era agosto y ese mismo mes se confirmaba lo que era un secreto a voces, su relación con Isabel Pantoja, la tonadillera más famosa del país.
Se separó de Maite Zaldívar, quien públicamente denunció la corrupción de Julián Muñoz mientras éste empezaba su mediática relación con Isabel Pantoja. La pareja rompía a la vez que empezaban los problemas judiciales para ambos.
El exregidor marbellí fue detenido en 2006 en la segunda fase de investigación de la operación Malaya, la mayor trama de corrupción inmobiliaria registrada en España con Juan Antonio Roca como cabecilla. Muñoz tuvo siete sentencias firmes y fue condenado a un total de 22 años de prisión por cohecho, malversación de fondos públicos y prevaricación urbanística.
En noviembre de 2020 fue la última vez que se sentó en un banquillo. Su deterioro físico ya era evidente. Mientras cumplió condena ingresó en el hospital hasta en 29 ocasiones. En 2021 le dieron la libertad condicional por enfermedad incurable. Se refugiaba con su familia y volvía a casarse con Maite Zaldívar.